Het filtersysteem van de Vloerstofzuiger speelt een beslissende rol bij het voorkomen van secundaire vervuiling.
Het hoogwaardige filtersysteem van de vloerstofzuiger maakt gebruik van meerdere filtratietechnologieën. Veel voorkomende zijn primaire filtratie, meestal een filter of filterkatoen, dat grote stof- en vuildeeltjes, zoals haar, vuil, enz., kan filteren. Dit is de eerste verdedigingslinie tegen secundaire vervuiling. Het primaire filter van sommige stofzuigers kan bijvoorbeeld effectief grotere deeltjes onderscheppen die met het blote oog zichtbaar zijn, waardoor de last van daaropvolgende filtratieverbindingen wordt verminderd.
De volgende is de hoogefficiënte filterlaag, zoals HEPA. Het kan kleine stofdeeltjes nauwkeurig filteren en de filtratie-efficiëntie voor deeltjes van 0,3 micron en groter kan oplopen tot 99,97% of zelfs hoger. Dit betekent dat bijna al het schadelijke stof dat in de stofzuiger wordt gezogen, kan worden onderschept en niet meer in de lucht wordt geloosd, waardoor vervuiling van de binnenlucht en schade aan de menselijke luchtwegen wordt vermeden.
Sommige stofzuigers maken ook gebruik van actieve koolfilterlagen, die geuren en schadelijke gasmoleculen, zoals formaldehyde en benzeen, kunnen absorberen. Vooral bij het reinigen van haren van huisdieren, vochtige omgevingen of gebieden met geuren kan de actieve koolfilterlaag effectief geuren verwijderen, de afgevoerde lucht frisser maken, het reinigende effect verder verbeteren en secundaire vervuiling door geuren en schadelijke gassen voorkomen.
Daarnaast beschikt het filtersysteem van sommige high-end Vloerstofzuigers ook over een zelfreinigende functie. Tijdens de werking van de stofzuiger wordt het stof op het filternet op tijd gereinigd door omgekeerde luchtstroom of trillingen, waardoor de doorlaatbaarheid en filtratie-efficiëntie van het filternet behouden blijft en de afname van de zuigkracht en secundaire vervuiling veroorzaakt door filterverstopping wordt vermeden. Sommige stofzuigers met cycloonscheidingstechnologie kunnen bijvoorbeeld tijdens het filtratieproces door sterke centrifugaalkracht stof van het filternet scheiden en in de stofopvangemmer laten vallen, zodat het filtersysteem altijd in goede staat blijft.